2005年主席连战访问大陆之后，两岸的贸易开始升温。大陆制订了一系列惠台政策希望让台商获得实惠，台湾的鱼类产品和水果更是作为第一批的农业商品进入了大陆市场，并且得到了民众青睐。如今，台湾的石斑鱼因为被查出含有土霉素、孔雀石绿等有害于人体健康的物质残留而被大陆禁入。事实上这早已不是台湾岛内的石斑鱼初次检测出有害于人体健康的物质，早在2005年台湾岛内贩售的石斑鱼就曾经查出过孔雀石绿超标。而后的十余年间更是多次传出台湾石斑鱼养殖业者存在滥用违规药物的黑历史，甚至渔业人员自己都坦陈“鲜活石斑鱼在运送过程中为了尽最大可能避免活鱼受伤，多半要施打麻药及抗生素。”其具体的情形如何，且待我慢慢道来。
台湾岛内的石斑鱼养殖场大多分布在在台南、屏东、高雄等地，这些地区都是的铁票仓。
当地的农渔民即使通过将农产品销往大陆而赚得盆满钵满，依旧会把手中的选票投给。
而抛开两岸的政治分歧，单从石斑鱼本身的养殖过程来看，台湾石斑鱼也确实有一定的问题。台湾岛内的石斑鱼因为口感细腻深受民众的喜爱，但是在养殖的过程中却难免会出现鱼类的受伤与感染。
孔雀石绿当中含有致癌物质，在2002年就被大陆列入了《食品动物禁用的兽药及其化合物清单》。
但是，2005年8月香港的一批淡水鱼中就发现了孔雀石绿超标，同时台湾进入香港的青斑之中也发现了孔雀石绿。2005年10月，台湾一批孔雀石绿超标的石斑鱼进入了台北鱼市和家乐福超市，一时引发热议。
执政时期，大陆与台湾签订了《海峡两岸经济合作框架协议》，大陆对于台湾多项农渔产品给予了降低关税或免征关税的优惠政策。
台湾的石斑鱼也在名录之中，2009年大陆对于石斑鱼的关税是10.9%，2010年就降到了5%，2012年1月1日正式免征关税。
这是首批以“小三通”的模式进入大陆的台湾活鱼，总重量为2.1吨，价值在2万美元左右。
以前的石斑鱼都是转经香港而后进入大陆，新鲜程度不如“小三通”直达的高。这也让台湾的石斑鱼在价格上很存在竞争力，也得到了大陆民众的追捧。高雄县永安乡是台湾石斑鱼主要的产地之一。当地的养殖户苏仙堃提到过《海峡两岸经济合作框架协议》生效后，他所养殖的石斑鱼价格每斤大多数都在250元新台币左右，最高还曾经到达每斤520元新台币的峰值。
然而台湾的养殖户依旧在养殖过程中使用孔雀石绿来消毒，完全不顾及大陆的相关禁令。
2011年4月台湾地区的农业部门就曾经针对15批石斑鱼进行抽查，其中两个批次的石斑鱼检测出孔雀石绿超标，分别来自台南和嘉义。
根据养殖户所言，是因为养殖的水域受到了污染而没有及时清洗整理才导致有害于人体健康的物质残留超标，台湾的农业主管部门和卫生部门也对于其进行了处罚。2012年，产自台湾岛的冷冻石斑鱼也将进入大陆市。
这些石斑鱼的身上还有台湾农业部门开具的信息情况说明、产地政府的印章证明和带有详细养殖流程的二维码，用以确保安全，能够说是每条冷冻石斑鱼都是带着“身份证”进入了大陆。
然而也因为这次的冷冻石斑鱼输入，台湾的养鱼户一不小心说走了嘴，揭示了一个大问题。
屏东县的石斑鱼养殖户陈怡如在介绍这批冷冻鱼时，不小心透露了一个关键信息。那就是她直言
“以往的石斑鱼透过‘活鱼运斑船’运送，为避免过程中活鱼受伤，多半要施打麻药及抗生素。”
这从侧面证明台湾岛内的石斑鱼养殖过程中不仅有业者用孔雀石绿消毒，更会有人在当中使用麻药和抗生素，这就为日后检测出石斑鱼中过量的药物残留埋下了伏笔。
2013年8月，台湾岛内又被爆出高雄、屏东地区的石斑鱼养殖户在养殖过程中使用民间自制的消炎药，其中装的竟然是农药和受管制的化学药剂。
检查人员在屏东枋寮仓库查到了大量的管制化学药剂，其中含有“重铬酸钾”、“锌锰乃浦”等有害成分，随后也成功破获了相关的团伙。
这些药物生产者将违禁药物印上自行生产的标签散装零售给不知情的石斑鱼养殖户，据其交代已经长达五年之久。
这也让台湾的石斑鱼生产链蒙上了一层阴影，过量食用“重铬酸钾”会增加罹患肺癌的风险。
而“锌锰乃浦”则是一种鱼吃了没事，可是人吃了毒鱼肉能够导致胎儿畸形和甲状腺疾病的药物。
这些可疑的石斑鱼中已经有多少被端上了民众的餐桌，有多少销往了大陆已不可考，这也引发了岛内的不满和抗议。
而台湾岛内对于鱼类产品检验的精准度也在当时受到了质疑，也就是说按照台湾岛内的检验测试标准和检测精准度，可能没办法呈现出完整、线日，台湾地区要求石斑鱼必须要经过新型的检测之后才可以上市，但却出现了检测合格的石斑鱼依旧存在有害于人体健康的物质超标的情况。
2014年10月，台湾卫生部门对于一批已经检测合格，批准上市的石斑鱼进行临时抽检时发现，当中的“还原型孔雀绿”依旧超标。
这批石斑鱼正是来自于屏东县枋寮乡的一个养殖场，当时的渔业部门近海组组长石圣龙指出，这批石斑鱼将被收回后销毁。不过他也坦陈：“
”。这也让台湾地区的鱼类产品检验测试能力画上了一个大大的问号，到底他们的检验测试标准和检测精度是否达标，这一点恐怕只有台湾有关部门自己清楚了。而随着上台，两岸之间的交流几乎陷于停滞，甚至大陆方面关于农产品输入的相关反馈，也常常被台湾当局无视。
事实上，台湾岛内的石斑鱼检测到有害于人体健康的物质残留超标，大陆也曾经发现了台湾岛内的石斑鱼存在问题。
2019年3月，大陆发现台湾的一批石斑鱼中出现了病毒性脑病和视网膜病等相关症状。
大陆第一时间提出了警示，并暂停从台湾地区林青德养殖场输入石斑鱼，而且要将病毒性脑病和视网膜病的检测率提高到30%。
2021年，大陆的有关部门又在台湾的石斑鱼中检测到了孔雀石绿、结晶紫等禁用药物，更不可思议的是土霉素超标。
结晶紫是一种染色剂，也有较好的杀菌作用，它可以治疗糜烂、溃疡及表皮感染。
这三类物质应该都是在给石斑鱼消毒杀菌的过程中使用过量，从而造成了残留超标。
台湾岛明明知道大陆不允许将孔雀石绿、结晶紫等物质用于兽药，还明知故犯。大陆经过了多次反馈无效后，最终决定在6月份禁止台湾的石斑鱼进入大陆，这也是合情合理的。